Con récord de vuelta incluido, Jorge Martín (Pramac) se adueñó de la clasificación del MotoGP en Mandalika tras haber marcado 1m29s088 en el segundo corte clasificatorio. La diferencia fue más que considerable con respecto a su perseguidor más inmediato, Marco Bezzecchi (Team VR46), que se ubicó a 53 centésimos de la referencia.
Una sesión llena de caídas caracterizaron la sesión en el trazado asiático. En Q1, Aleix Espargaró (Aprilia) en la primera curva y, posteriormente, Alex Márquez (Gresini) en su última vuelta rápida, sufrieron duras caídas y no consiguieron avanzar al corte que definía al poleman.
Ya en la Q2, Marc Márquez (Gresini) tuvo dos caídas y por ello ni siquiera pudo concretar registros, cayendo al fondo del clasificador. Marco Bezzecchi y Enea Bastianini (Ducati) también terminaron en el suelo, pero pudieron completar una vuelta rápida para colocarse 2° y 5°, respectivamente.
MOTOGP – GRAN PREMIO DE INDONESIA – Q2
| POS | PILOTO | EQUIPO | VUELTAS | TIEMPO/DIF |
| 1 | J. Martin | Pramac Racing | 9 | 1’29.088 |
| 2 | M. Bezzecchi | Team VR46 | 9 | +0.535 |
| 3 | P. Acosta | Tech 3 | 9 | +0.583 |
| 4 | F. Bagnaia | Ducati Team | 9 | +0.657 |
| 5 | E. Bastianini | Ducati Team | 8 | +0.704 |
| 6 | F. Quartararo | Yamaha Factory Racing | 9 | +0.760 |
| 7 | J. Zarco | Team LCR | 9 | +0.854 |
| 8 | F. Di Giannantonio | Team VR46 | 9 | +0.875 |
| 9 | F. Morbidelli | Pramac Racing | 8 | 1.019 |
| 10 | M. Viñales | Aprilia Racing Team | 8 | 1.330 |
| 11 | R. Fernández | Trackhouse Racing Team | 8 | 1.436 |
| 12 | M. Marquez | Gresini Racing | 2 | – |
